1. vivliostyle.config.jsで「.epub」形式で出力する
  2. epubファイルの拡張子を「.zip」にする
  3. 目次ファイル.xhtmlを開く
  4. ファイルの下のほうにある「nav(epub:type="toc"がついてる)>li」を編集
  5. 修正後、フォルダーをZipに再圧縮する
  6. 拡張子を「.epub」にする

元凶はpublication.jsonの自動生成ぽい(直しても勝手に上書きする)

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